Kolejne kroki - transkrypcja wideo

Ważne uwagi

Ta strona zawiera jedynie transkrypcję. Pełne instrukcje krok po kroku znajdziesz w materiale szkoleniowym.

Powitanie

​

Gratulacje, udało Ci się!

Dotarłeś do końca i ukończyłeś szkolenie Hello Nextflow. Naprawdę mam nadzieję, że Ci się podobało. Dziękujemy, że zostałeś z nami przez całą drogę, i bardzo doceniamy czas i wysiłek, który włożyłeś w naukę Nextflow'a. Naprawdę mamy nadzieję, że okaże się przydatny w Twojej pracy.

Inne szkolenia na training.nextflow.io

Pamiętaj, żeby wracać na training.nextflow.io. Cały czas dodajemy nowe krótkie szkolenia, a także odświeżamy wiele materiałów, które już tu są. Tak więc ten kurs Hello Nextflow będzie z czasem aktualizowany.

To jest szczególnie ważne, ponieważ aktualizujemy składnię w Nextflow'ie, a rok 2026 przyniesie sporo nowych funkcji, więc ten kurs będzie wyglądać i działać nieco inaczej następnym razem, gdy go przeprowadzimy w 2027 roku.

W szczególności chcę zwrócić uwagę na stronę "Nextflow for Science". To krótkie szkolenia zaprojektowane jako kontynuacja tego kursu Hello Nextflow. Pokazują, jak używać Nextflow'a w różnych konkretnych przypadkach użycia, czy to genomika, czy RNAseq, czy wszelkie inne różne rzeczy. Staramy się cały czas dodawać więcej naukowych przypadków użycia.

Są też Side Quests. Kiedy opracowujemy kurs taki jak Hello Nextflow, jest tak wiele, co moglibyśmy omówić, i trudno jest utrzymać wszystko w zakresie. Jeśli więc jest konkretny temat, który uważamy za interesujący dla ludzi i zasługujący na głębsze omówienie, umieszczamy go w Side Quest.

Przejrzyj je i jeśli znajdziesz różne rzeczy, które mogą być istotne dla Twojej pracy, jak nf-test czy różne operacje na metadanych i powszechne wzorce skryptów, sprawdź Side Quests i zobacz, czy to może być przydatne do dalszej nauki.

Jest też kurs o nf-core. Miejmy nadzieję, że jesteś już zaznajomiony z tym projektem, ale jeśli nie, sprawdź go. Jest tam prawie 150 różnych pipeline'ów do różnych rodzajów analiz i różnych typów danych, więc jest całkiem możliwe, że znajdziesz gotowy pipeline do rodzaju analizy danych, której potrzebujesz.

Co ważne, w nf-core są też komponenty - prawie 1700 różnych modułów, różnych procesów i wrapperów dla narzędzi. A dzięki narzędziom, które są częścią nf-core, możesz je łączyć i budować własny pipeline jak z klocków Lego. Dużo szybciej i bardziej powtarzalnie.

Seqera Platform

Gdy zwiększasz wykorzystanie Nextflow'a, sprawdź Seqera Platform - to najlepszy sposób na uruchamianie Nextflow'a. Możesz uruchamiać na własnej infrastrukturze, więc HPC lub AWS, Azure, Google Cloud, Oracle i więcej. Możesz też użyć naszego własnego Seqera Compute, jeśli w ogóle nie chcesz zarządzać żadną infrastrukturą obliczeniową.

Seqera Platform naprawdę upraszcza konfigurację tych skomplikowanych infrastruktur chmurowych za pomocą funkcji takich jak Batch Forge, które tworzą dla Ciebie środowisko. A także naprawdę pomaga z możliwością obserwacji, logowaniem audytowym i zgodnością z przepisami.

Obiektywnie sprawia, że pipeline'y działają taniej i szybciej dzięki technologiom takim jak Fusion, które optymalizują dostęp do dysku i transfery danych. Jest też optymalizacja pipeline'ów, aby upewnić się, że konfiguracja Twoich pipeline'ów jest jak najściślej dostrojona.

Są też zupełnie inne funkcje poza uruchamianiem pipeline'ów. Mamy Studios, gdzie możesz uruchamiać interaktywne analizy i tworzyć środowiska z dowolnego niestandardowego obrazu dockerowego, który stworzysz. I Data Explorer, który pomaga eksplorować różne systemy plików, gdziekolwiek się znajdują.

Jest darmowy poziom Seqera Platform, więc możesz używać praktycznie wszystkich tych funkcji za darmo już teraz. A nawet damy Ci sto dolarów darmowego kredytu obliczeniowego w Seqera Compute, jeśli zarejestrujesz się swoim organizacyjnym adresem e-mail. Wreszcie, istnieje program akademicki, więc jeśli pracujesz na uniwersytecie, sprawdź stronę z cennikiem, znajdź tam formularz i daj nam znać, a zaktualizujemy Cię do Cloud Pro za darmo.

Pomoc społeczności i wydarzenia

Ok. Dalej. Jeśli kiedykolwiek będziesz potrzebować wsparcia w zakresie Nextflow'a, sprawdź community.seqera.io. Jest tam naprawdę aktywnie i mamy nadzieję Cię tam zobaczyć i omówić Twoje różne problemy i przypadki użycia, a może teraz będziesz mógł nawet pomóc innym osobom.

Mamy też wiele wydarzeń. Organizujemy wydarzenia społeczności pochodzące z nf-core i Nextflow. W marcu mamy online i rozproszony hackathon nf-core, w zeszłym roku dołączyło ponad tysiąc osób z miejsc na całym świecie. Dołącz do nas, jeśli możesz.

A także mamy wydarzenia Nextflow Summit, jedno w Bostonie, a następnie wydarzenie w Barcelonie i online. Fantastyczne wystąpienia, gdzie możesz usłyszeć o ludziach używających Nextflow'a w naprawdę masywny, szalony i ekscytujący sposób. Są też związane z nimi hackathony i szkolenia stacjonarne.

Podcast i blog Nextflow

Jeśli chcesz być na bieżąco z tym, co dzieje się w ekosystemie Nextflow, sprawdź seqera.io/blog.

Jest tam sekcja dla Nextflow'a, gdzie możesz znaleźć wpisy blogowe społeczności od ludzi pracujących w społeczności, a także wpisy blogowe od Seqera o aktualizacjach Nextflow'a i innych narzędzi, które tworzymy.

Chciałbym też polecić mój ulubiony projekt, którym jest Podcast Nextflow. Sprawdź go na Spotify, Apple Music lub YouTube. Publikujemy nowe odcinki okresowo, gdzie rozmawiam z innymi ludźmi pracującymi z Nextflow'em lub powiązanymi technologiami, lub osobami ze społeczności. Robimy naprawdę techniczne, głębokie zanurzenia w to, jak rzeczy działają i co ludzie robią. Jeśli jesteś zainteresowany, sprawdź je. Są naprawdę fajne.

Podziękowania

Ok, chciałbym złożyć podziękowania. Zespół szkoleniowy w Seqera jest odpowiedzialny za ten materiał. Ja siedzę przed kamerą, ale naprawdę całą ciężką pracę wykonały te inne osoby. Szczególne podziękowania dla Geraldine, która napisała i odświeżyła ten materiał szkoleniowy dla Hello Nextflow i innych. A także dla Jona, który naprawdę pomógł, szczególnie z aktualizacją składni dla nowej składni Nextflow'a, a także sam napisał wiele szkoleń. Inni w zespole rozwoju naukowego, tacy jak Rike, Rob, Florian i wielu innych, mieli ogromny wkład w materiał, nad którym pracowaliśmy.

Chciałbym też podziękować ludziom ze społeczności. Nowe tłumaczenia, na przykład, które są bardzo świeże, były w dużym stopniu pod wpływem osób z programu ambasadorskiego i innych miejsc. I naprawdę, otwartoźródłowy charakter materiału szkoleniowego oznacza, że pull requesty i zgłoszenia przychodzą dość często, co naprawdę nam pomaga.

Ankieta

Teraz, gdy skończyłeś, jeśli jeszcze tego nie zrobiłeś, proszę szybko wypełnij ankietę zwrotną. Jest na stronie training.nextflow.io tuż pod sekcją Hello Nextflow.

To tylko pięć pytań. Jest naprawdę bardzo szybka, ale pozwala nam śledzić mniej więcej, ile osób robi szkolenie, a także możesz nam powiedzieć, jak ulepszyć materiał szkoleniowy. Naprawdę sprawdzamy wszystkie odpowiedzi, więc bardzo cenimy Twój wkład.

Pożegnanie

Jeszcze raz, wielkie dzięki za dołączenie do nas na tym szkoleniu i na tej drodze. Zgłoś problem lub Pull Request na GitHubie, jeśli zauważyłeś coś w materiale szkoleniowym, co Twoim zdaniem można by ulepszyć. I naprawdę mam nadzieję zobaczyć Cię na kolejnym szkoleniu Nextflow, albo może na hackathonie czy wydarzeniu. Jeszcze raz dziękuję.​